Šogun (jap. shōgun: vojskovođa), naslov je vrhovnoga zapovjednika carske vojske u Japanu. Godine 1192. car je naslov šoguna dao Yoritomu Minamotu kao doživotni i nasljedni.

Od tada su šoguni imali svu vlast u zemlji, a car je bio figura u nimbu božanskoga podrijetla, koja se samo formalno nalazila na čelu države. Doba vojne vladavine ili vladavine šoguna (bakufu) dijeli se na razdoblje Kamakura (1192–1333), razdoblje Ashikaga ili Muromachi (1336–1573) i razdoblje šogunata Tokugawa ili Edo (1600–1868), tijekom kojih su vladali nasljedni šoguni iz rodova Minamoto, Hōjō, Ashikaga i Tokugawa.

Od 1603. šogunova je rezidencija bila Edo (danas Tokyo). Pošto je u revoluciji 1868. bila srušena vlast šoguna, car Mutsuhito je 3. siječnja 1868. godine ukinuo ustanovu šogunata te preuzeo u svoje ruke i svjetovnu vlast.