U listopadu 1941. novoinaugurirani gradonačelnik Zagreba, Ivan Werner, objavio je dekret za rušenje sinagoge, navodno zato što se sinagoga nije uklapala u glavni gradski urbanistički plan. Devastacija sinagoge je započeta 10. listopada 1941., a završena je u travnju 1942. Cijeli je proces fotografiran u propagandne svrhe, a fotografije su javno izložene na Antisemitskoj izložbi u Zagrebu. Fotografije su također izložene i u Dubrovniku, Karlovcu, Sarajevu, Vukovaru i Zemunu kao ilustracija “rješavanja židovskog pitanja u NDH”.

Za Wernerove zasluge, posebno u urbanističkom razvoju grada Zagreba, poglavnik NDH Ante Pavelić odlikovao ga je pravom na zvanje viteza. Upravo urbanističkim planom grada, tj. time kako se sinagoga u njega ne uklapa, objasnio je Werner svoju odluku o rušenju jedne od najistaknutijih javnih zgrada u Zagrebu.

Davne 1806. godine kada je osnovana Židovska zajednica u Zagrebu, brojila je svega sedamdesetak članova. Broj je na 700 članova porastao 1855. godine kada je o donesena odluka o izgradnji sinagoge. Na prijelazu u 20. stoljeće u Hrvatskoj je živjelo oko 20.000 Židova. Nakon 1. svjetskog rata u Zagrebu ih je živjelo 6000 i činili su 4,6 posto stanovništva, a do drugog svjetskog rata taj se broj udvostručio na 12.000. Rast židovske zajednice slijedio je i razvoj grada, pridonosili su općem razvoju, a time je i njihov ugled rastao. No u vrijeme fašističke ideologije Pavelića, tijekom četiri godine po raznim logorima NDH pobijeno je između 8.000 i 9.000 zagrebačkih Židova; muškaraca, žena i djece. Njih manje od 3000 preživjeli su strahote 2. svjetskog rata.