Rođen je kao Farrokh Bulsara u Zanzibaru, 5. rujna 1946. godine, u godini kad je Zanzibar postao dio Tanzanije. Posthumno će mu Tanzanija dodijeliti nagradu, proglasivši ga osobom koja je otamo krenula u svijet i postigla globalni uspjeh. Njegova obitelj perzijskog je podrijetla; roditelji, majka Jer i otac Borni, rođeni su i odrasli u Indiji gdje su se njihovi preci, sljedbenici zoroastrizma, sklonili od progona kojima su bili izloženi u Iranu.

S pet je godina Mercury u Zanzibaru krenuo u školu kojom upravljaju britanske časne sestre, već tada pokazuje interes za glazbu, roditelji ga sa sobom vode na razne zabave i uskoro je postalo rutinom da talentiranog dječaka netko zamoli da pjeva za okupljene.

Imao je tek osam kad ga, u veljači 1955. godine, iz Zanzibara šalju u Indiju, u internat gotovo pet tisuća kilometara udaljen od  doma i obitelji, gdje će ostati živjeti do 17. godine. Roditelje će za to vrijeme viđati tek jednom godišnje. Rijetko će kasnije u intervjuima govoriti o tim godinama školovanja. Jedan od njegovih najboljih prijatelja kaže da je to možda i stoga što je školu pohađao u Indiji, “a nije htio da ga smatraju Indijcem”, jer bio je ponosni Perzijanac. Međutim, može se samo nagađati kako se kao dječak snalazio sam u internatu, s čim se sve morao nositi, izmjenjujući tek pisma s roditeljima i sestrom koji su za njegovih formativnih godina bili na drugom kontinentu.

U Veliku Britaniju došao je s 18 godina i pohađao fakultet za umjetnost i grafički dizajn, što će se u karijeri grupe Queen primijetiti na omotima albuma, te ponekad i na garderobi sastava. Onda je upoznao Rogera Taylora i Briana Maya, koji su svirali u sastavu Smile. Dolaskom Freddieja koncepcija i izgled grupe se bitno mijenjaju, a upravo je Mercury dao novo ime grupi. Nešto kasnije, dolaskom Johna Deacona 1971. godine konačno je osnovan jedan od najpoznatijih svjetskih sastava – Queen.