Hrvatska se nalazila na velikoj prekretnici, zbog čega je Vlado Gotovac strahovao da ne postane „obična europska provincija, potpuno devastirana, europsko smetlište, prostor tehnološki zastarjelih programa, europska spavaonica, prostor jeftinog i nezaštićenog turizma…“ Smatrao je da bi Sabor trebao biti jamac očuvanja zemlje od takve budućnosti. Unatoč želji za osamostaljenjem Hrvatske, Gotovac je oprezan: „Hrvatski Sabor treba, ostajemo li još unutar Jugoslavije, od prvog trenutka jasno i razgovijetno postaviti uvjete pod kojima ćemo uopće nastaviti to sudjelovanje u jugoslavenskoj zajednici, s obzirom na činjenicu da je ona u ovom trenutku, prvo, podijeljena u dva velika prostora koji su prihvatili dva različita programa, dvije različite koncepcije. To je zapadna sfera u kojoj vlada povjerenje u parlamentarni sustav, osobne slobode, pravnu državu, civilno društvo, i istočni dio koji u ovom trenutku, u jednom neoboljševičkom konceptu, povezanom s ekstremnim nacionalizmom, vidi mogućnost za provođenje još jedne socijalističke reforme, koja bi ostala u dosadašnjim povijesnim okvirima.“

Kako je u to doba na Kosovu rasla napetost u odnosima Srba i Albanaca, Gotovčevo je stanovište bilo da kroz sistem represije Jugoslavija dolazi do ruba „katastrofe materijalne i katastrofe regionalnih, međunacionalnih ili nekih drugih sukoba – politički, ideološki, državno i nacionalno motiviranih…“. On nije htio da to bude perspektiva Hrvatske: želio je da se mentalno odvojimo od Balkana i približimo građanskoj Europi. “To je već sada izraz volje hrvatskog naroda i ta se volja mora poštivati!“, zaključio je i jasno dao do znanja kako je ipak došlo vrijeme da Hrvatska izađe iz okvira SFRJ.

Po njegovu je mišljenju Sabor morao preuzeti odlučujuću ulogu u gotovo svim skorašnjim zbivanjima: i u razvoju situacije na Kosovu, da barem donekle ublaži represiju, ali i u pokušajima „zadržavanja boljševičkog poretka u Jugoslaviji“. Borba protiv centralizma i unitarizma jedna je od središnjih poruka njegova govora u kojem je naposljetku zatražio stanovit oblik samostalnosti, makar u odlučivanju o unutarnjem poretku. Podsjetio je na još jednu bitnu obvezu: „…hrvatski Sabor mora postaviti pitanje funkcioniranja saveznih institucija, napose policije koja nadzire cijeli javni i privatni život zemlje, zatim ONO-a, DSZ-a i Jugoslavenske narodne armije kao istodobno vojnih i političkih institucija.“

‘Mi više nećemo podnositi trikove po kojima više nema jednopartijskog sistema, ali istodobno funkcioniraju sve organizacije za represiju koje je taj sistem uspostavio. To je drska prevara!’ govorio je Gotovac

Iz Gotovčeva se govora razabire što je sve proživljavao kroz gotovo 40 godina: „Mi više nećemo podnositi trikove po kojima više nema jednopartijskog sistema, ali istodobno funkcioniraju sve organizacije za represiju koje je taj sistem uspostavio. To je bjelodana i drska prevara! Nećemo pristati na to da istodobno budemo formalno slobodni a faktički nadzirani od raznih tajnih i javnih organizacija, koje su komunisti osnovali i upravo s njima punih 45 godina, ne samo čuvali svoju vlast, nego i progonili sve one koji tu vlast nisu smatrali radosnom činjenicom za svoj život.“

Obratio se i komunistima, koji su se već pomalo spremali za moguće političke i ideološke transformacije. Premda je od njih očekivao ispriku, u njegovu nastupu nije bilo osvetoljubivosti zbog pretrpljenih progona: „Jer, mi nismo prošli ovaj put slobode da se osvećujemo, izvodimo pred sudove, mi smo sve učinili samo zato da doista promijenimo našu zajedničku sudbinu, sudbinu svih koji pristaju na slobodu svakoga od nas, pojedinačno i zajedno!“ Jedino je htio da kažu: „Oprostite za sve što smo nepravedno, nečasno i surovo učinili! Ispričavajući vam se, istodobno obećavamo da ćemo u uvjetima pune slobode za svakoga od nas nastaviti raditi za tu slobodu, za dobro naroda kojem pripadamo – za Hrvatsku!“

Zaključio je kako program Socijalno-liberalnog saveza „podrazumijeva sveobuhvatno nacionalno prosvjećivanje u politici, opću pedagogiju prakticiranja slobode, poučavanje poduzetnih ljudi što je zapravo poduzetništvo, što je njegova odgovornost i na koji način ono služi svima. Jer, pojedinac samo kada potpuno ispunjava svoju sudbinu, uistinu služi svima! U tome je paradoks koji su zaboravili svi kolektivisti: da samo uistinu slobodan i posve i do kraja ostvaren subjekt, da upravo i jedino on, radeći za sebe, uvijek radi i za druge. Oni koji tvrde da bilo kakav pojedinac može biti silno koristan narodu ili ga čak voditi samo ako se zatekne u njemu, opasno obmanjuje narod. Njihovi pothvati se u povijesti redovito svode na pothvate terora, na pothvate totalitarizma – jer moguće je, nažalost, što je povijest pokazala, da posve običnom provincijskom šarlatanu u trenutku velike društvene krize – a u trenucima krize svi su lakovjerni! kao što su lakovjerni i u trenucima patnje – svi povjeruju.“

„Jednostavno rečeno, ono što on donosi, to je buduća moderna Hrvatska! Slijedite nas!“ – rekao je na kraju. Bio je to govor koji je oduševio sve prisutne, prvi u nizu govora o potrebi osamostaljenja Hrvatske. Ljudi su se opet počeli okupljati, kao prije dvadeset godina, a Gotovac je ponovo ušao u javni i politički život Hrvatske.

Ono što ga je dočekalo u posljednjem desetljeću prošloga stoljeća jako ga je razočaralo. Za prvog predsjednika HSLS-a izabran je Dražen Budiša koji je kasnije postao njegov oponent. U jednom od svojih intervjua Gotovac je izjavio da se nikada nije imao namjeru baviti politikom profesionalno. Ušao je u politiku kao intelektualac „koji politici pomaže onoliko koliko ga obvezuje njegova odgovornost prema stanju njegove nacije“.

Na prvim višestranačkim izborima u svibnju 1990. godine, pod vodstvom Dražena Budiše, HSLS se priključio Koaliciji narodnog sporazuma. Uz HSLS su u Koaliciji sudjelovale Hrvatska demokratska stranka, Hrvatska kršćansko-demokratska stranka, Hrvatska seljačka stranka i Socijaldemokratska stranka, a podržavali su je i istaknuti pojedinci kao Savka Dabčević-Kučar, Ivan Supek, Miko Tripalo, Dragutin Haramija i Srećko Bijelić.

Valja napomenuti kako je 5. veljače 1990. godine Republički sekretarijat za upravu i pravosuđe izdao prve stranačke registracije, čime je politički pluralizam i formalno uveden u Hrvatskoj; dokumenti kojima se legaliziraju višestranački izbori doneseni su 15. veljače 1990. Toga je dana Sabor SR Hrvatske usvojio ustavne amandmane i Zakon o izboru i opozivu odbornika i zastupnika, te su ispunjeni svi uvjeti za održavanje prvih višestranačkih izbora u Republici Hrvatskoj. Izbori su se odvijali po takozvanom većinskom sustavu u dva kruga glasanja. Prvi krug održan je 22. i 23. travnja 1990., a drugi 6. i 7. svibnja 1990. Do početka izbora registrirane su 33 političke stranke. Zanimljivo je da se niti jedna stranka, pa čak ni Stranka Jugoslavena, nije izjasnila za centralističku Jugoslaviju.

Gotovac je izjavio da se nikada nije imao namjeru baviti politikom profesionalno. Ušao je u politiku kao intelektualac ‘koji politici pomaže onoliko koliko ga obvezuje njegova odgovornost prema stanju njegove nacije’

Uz Koaliciju narodnog sporazuma, najveći favoriti izbora bili su Hrvatska demokratska zajednica (HDZ) na čelu s Franjom Tuđmanom i reformirani Savez komunista Hrvatske – Stranka demokratskih promjena (SKH–SDP) na čelu s Ivicom Račanom. Općenito gledajući, HSLS je tražio da se nakon izbora odlučuje o budućnosti Jugoslavije i njezinu ustrojstvu, HDZ je težio međunarodnom priznanju Hrvatske u njezinim povijesnim i prirodnim granicama, dok je SKH–SDP zamišljao konfederalnu Jugoslaviju. Na temelju izbornih rezultata, 30. svibnja iste godine konstituiran je prvi višestranački Sabor. S 42 posto dobivenih glasova HDZ je osvojio 205 (58 %) zastupničkih mjesta. Drugi najbolji rezultat polučio je SKH–SDP s 26 % osvojenih glasova i 107 mandata (30 posto). Slijedila je Koalicija narodnog sporazuma (KNS) s 15 posto glasova i 21 mandatom (5.9 posto). Posljednja stranka koja je prošla izborni prag bila je Srpska demokratska stranka (SDS) koja s 1,6 posto glasova osvaja 5 (1.4 posto mandata). Ostatak mandata išao je nezavisnim kandidatima i nacionalnim manjinama. HSLS je, ukupno gledajući, kao građanski centar, dobio tri zastupnika u višestranačkom hrvatskom parlamentu i nije postigao značajniji izborni rezultat.

HSLS je, još dok se nazivao Savezom, 8. listopada 1989. godine organizirao akciju za povratak spomenika banu Jelačiću na središnji zagrebački trg i prikupio 70,000 potpisa. Godinu dana kasnije spomenik je vraćen na svoje mjesto. HSLS će i nakon demokratskih promjena biti pokretač mnogobrojnih inicijativa. Na početku Domovinskog rata pozvat će svoje članstvo da se uključi u obranu domovine i založiti se za konstituiranje takozvane „ratne“ Vlade demokratskog jedinstva u ljeto 1991. Tako je predsjednik HSLS-a Dražen Budiša postao ministar bez lisnice, ali s važnim dužnostima u vrijeme rata. Ipak je u veljači 1992. izišao iz vlade jer se nije slagao s Tuđmanovom politikom: naime, u dijelovima Hrvatske pod srpskom okupacijom, kojima su upravljale vojne snage UNPROFOR-a, hrvatski su zakoni bili suspendirani.

Dana 30. kolovoza 1991. godine Gotovac je održao povijesni govor ispred komande 5. vojne oblasti u Zagrebu, na skupu koji je organizirao „Bedem ljubavi“ – udruga majki čiji su sinovi u tom trenutku služili JNA i nije im bilo dopušteno vratiti se kući. Gotovac je ovim govorom potvrdio svoje iznimne oratorske vještine po kojima ga široka javnost najviše pamti. Ove se rečenice iz govora najčešće citiraju: “Kada bi generali imali obitelj, kada bi generali imali djecu, kada bi generali imali bližnje, onda nikada ne bi zasjeli u ovoj zgradi. Ali generali nemaju djecu ja vas uvjeravam, jer onaj koji tuđu djecu ubija nema djece. Jer onaj tko tuđe majke ucviljuje nema majke. Jer onaj tko ruši tuđe domove nema doma. I oni moraju znati da na ovoj zemlji za njih nema ni majka ni djece ni doma. Umrijet će u pustoši svog mrtvog srca.” Tim je govorom Gotovac htio vratiti Hrvatima svijest o tome da je njihova domovina stvarno mjerilo vrijednosti i da bez tih vrijednosti neće uspjeti ni u jednom od svojih ciljeva.

U rujnu 1991. godine umrla je Gotovčeva supruga Vlasta. Dvije godine kasnije oženio se liječnicom iz Rima Simonom Šandrić.

Na trećoj izbornoj skupštini HSLS-a 2. svibnja 1992. Budiša je ponovo izabran za predsjednika stranke. U kolovozu iste godine HSLS je na prijevremene parlamentarne i predsjedničke izbore izišao samostalno. Nakon tih izbora postao je najjača oporbena stranka s petnaest zastupnika u Saboru, među kojima je bio i Gotovac.

U istom se razdoblju vratio Matici hrvatskoj. Tijekom 1989. i 1990. godine trajale su pripreme za obnovu Matice: prijelazni upravitelj bio je Petar Šegedin, a tajnik uprave – Jozo Ivičević. Na svečanoj obnoviteljskoj skupštini 8. prosinca 1990. Gotovac je izabran za predsjednika Matice hrvatske. Tu je dužnost obnašao kroz tri mandata, do 1996. godine, kada se povukao zbog bavljenja stranačkom politikom.

Čim je stupio na čelo Matice, Gotovac je prionuo zadatku koji je smatrao iznimno važnim: oživljavanju izdavačke djelatnosti koja će omogućiti Matici da komunicira s javnošću. Ponovo je pokrenuo časopise „Kolo“ i „Hrvatsku reviju“, Matičine povijesne publikacije. Raspravljalo se i o pokretanju „Hrvatskog tjednika“, no za takav je pothvat bio potreban mnogo veći angažman i broj novinara, što skromni proračun u to vrijeme nije mogao omogućiti. Već 1990. godine Matica je imala šezdeset aktivnih ogranaka, a novelirala je i Pravila od 1970. godine, čime se uskladila s novim društveno-političkim okolnostima i postala neovisna kulturna institucija „koja predstavlja temeljnu nacionalnu vrijednost u smislu tradicije, istodobno želeći biti vrlo živi nosilac sadašnjeg i budućeg nacionalnog kulturnog života“.

Uz obnovu Pravilnika i dvaju navedenih časopisa, bio je zaslužan i za ponovno pokretanje časopisa Vijenac. Završetak Drugog svjetskog rata ugasio je posljednji broj Vijenca pa je Gotovac revitalizirao časopis koji je smatrao važnim za promociju i očuvanje hrvatske kulture. Vijenac je od početka izlazio kao dvotjednik s velikim brojem suradnika i pratio je sva aktualna zbivanja na domaćoj, ali i stranoj kulturnoj i umjetničkoj sceni.

Gotovčeve prve riječi redakciji časopisa Vijenac bile su: „Ne bojte se, učinite ono što smatrate da je potrebno da bi sloboda u Hrvatskoj bila takva da nitko tko cijeni tu slobodu, kao i vrijednosti koje iz nje nastaju, u tom ne bude ometan.“ Htio je da Matica hrvatska ima glasilo koje bi pomagalo razvitku civilnog društva u okvirima u kojima civilno društvo ovisi o duhovnim vrijednostima i njihovu ostvarivanju. S druge strane, bio je uvjeren da Matica mora biti kritična prema tadašnjoj politici u Hrvatskoj, koja je po njegovu mišljenju zapravo remetila stvaranje vrijednosti. Stoga je cilj obnove Vijenca bio stvoriti časopis koji bi usmjeravao i kritizirao vlast. Uza sve to želio je da Matica s takvom publikacijom postane „institucija koja će uza sve navedeno osigurati i trajan odnos sa srodnim institucijama u svijetu”. Maticu je htio dovesti na razinu Goetheova Instituta, British Councila i sličnih kulturnih ustanova, razinu na kojoj neće biti usmjerena samo prema prosvjetiteljskom radu.