Tijekom suđenja je dokazano da je 1993. godine kao zapovjednik 221. motorizirane brigade 9. kninskog korpusa JNA i svih pograničnih jedinica srpske paravojske (tzv. milicije vojske SAO krajine), kao podređeni Ratku Mladiću i Mili Novakoviću, zapovijedio aktiviranje 30 tona ekpoloziva kojim je urušena i oštećena brana Peruća.

To je prouzročilo ukupnu štetu Hrvatskoj elektroprivredi (HEP) od oko 130 milijuna kuna; naime izravna je šteta bila 90 milijuna kuna, dok je na sanaciju brane potrošeno 10 milijuna tadašnjih njemačkih maraka.

Sudsko vijeće pod predsjedanjem suca Slavka Lozine, obvezalo je Đukića da ako presuda od devet godina zatvora postane pravomoćna, u roku od četiri godine nadoknadi štetu.

Brana Peruča je u eksploziji pretrpjela oštećenja, no izdržala je zbog velikih napora djelatnika HEP-a koji su nasipanjem spriječili nastajanje udarnog vala vode i poplavu područja nizvodno od Peruče, što bi ugrozilo živote najmanje 50 tisuća ljudi.

“Đukić je isplanirao i organizirao rušenje brane sa ciljem potapanja područja Sinja, Trilja sve do Omiša na kojem prostoru živi oko 50 tisuća stanovnika. U temelje brane postavljeno je 30 tona eksploziva TNT, a kad je dobio zapovijed da minira, zapovjedio je svojim potčinjenima da aktiviraju eksploziv što su oni i učinili te je u tome teško oštećena brana, most, toranj i zgrada HEP-a. Rušenje brane i tragediju koja je prijetila potapanjem velikog područja spriječili su djelatnici HEP-a”, rekao je sudac Stipe Lozina navodeći u obrazloženju.

General JNA Đukić je u ovom slučaju bio optužen zajedno s Ratkom Mladićem, Milom Novakovićem i Brankom Koricom. Mladić je u zatvoru u Haagu, Đukić u splitskom, a Novaković i Korica su umrli.

Protiv Đukića je podignuta još jedna optužnica zbog ratnog zločina nad hrvatskim civilima, u kojoj ga se tereti da je kao zapovjedni kadar sa još četiri pukovnika i jednim potpukovnikom JNA od kolovoza 1991. godine, pa sve do vojno-redarstvene operacije Oluje izdavao naredbe topništvu i pješaštvu za napade na civilna naselja na području Šibenika.

Umirovljeni general JNA Đukić je uhićen u Crnoj Gori u srpnju 2015. godine.