Odigrano je 16 utakmica prvog kola SuperSport Hrvatskog nogometnog kupa nakon čega su poznati svi parovi drugog kola odnosno šesnaestine finala koje se po rasporedu igra u srijedu, 11. rujna 2024. godine s početkom u 15 sati. U ovoj fazi natjecanja igra se na samo jedan susret i to na način da je domaćin klub koji nije nositelj.

Šesnaest pobjednika iz prvog kola pridružilo se skupini od šesnaest klubova koji su već ranije na temelju koeficijenta uspješnosti u kupu u posljednjih pet sezona osigurali direktan plasman u drugo kolo. Parovi su određeni na temelju koeficijenta uspješnosti u kupu na način da klub s najvećim koeficijentom igra u gostima s onim koji ima najmanji koeficijent i tako redom (32-1, 31-2, 30-3…).

Parovi drugog kola SuperSport Hrvatskog nogometnog kupa:

Banjole: BANJOLE – DINAMO
Grubišno Polje: BILOGORA 91 – HAJDUK
Opuzen: NERETVANAC – RIJEKA
Samobor: SAMOBOR – LOKOMOTIVA
Varaždin: VARTEKS – OSIJEK
Đakovo: ĐAKOVO CROATIA – GORICA
D. Andrijevci: TOMISLAV – ISTRA 1961
Zagreb: KUSTOŠIJA – SLAVEN BELUPO
Osijek: ZRINSKI Osječko 1664 – ŠIBENIK
Pitomača: PITOMAČA – RUDEŠ
Mače: GAJ MAČE – VARAŽDIN
Požega: SLAVONIJA – ORIOLIK
Dugopolje: DUGOPOLJE – BSK
Beletinec: BEDNJA – BELIŠĆE
Poreč: JADRAN POREČ – MLADOST (Ž)
Bjelovar: BJELOVAR – JASKA VINOGRADAR

Rezultati prvog kola SuperSport Hrvatskog nogometnog kupa:

Hrvatski vitez Posedarje – Slavonija Požega 1:2
Neretvanac – Bedem 2:0
Bilogora 91 – Zagora 1:0
Dugopolje – Jarun 6:5 nakon jedanaesteraca
Samobor – Fernandinovac 10:0
Bednja – Orijent 2:1
Banjole – Mladost Petrinja 2:0
Jadran Poreč – Radnik Križevci 3:2 nakon jedanaesteraca
Gaj Mače – Karlovac 1919 2:1 nakon produžetaka
Nehaj – Croatia Đakovo 0:4
Sava Strmec – Pitomača 0:7
Sloga NG – Bjelovar 0:1
Međimurec – Varteks 1:4 nakon jedanaesteraca
Kustošija – Polet SMNM 3:0
Zrinski Osječko 1664 – Moslavina 4:0
Tomislav D. Andrijevci – Sloga Borovo 5:0